1、后台管理功能弱，导致流程管理系统维护成本高
系统在后期运行过程中，岗位、权限和业务模式等会发生变化，一些常见的变化可以通过流程管理系统提供的后台管理工具进行调整，并需要流程管理系统提供灵活的后台调整功能。如果一些基本的调整都需要通过流程管理系统软件厂商处理，甚至是通过代码方式维护修改，会增加最终用户的维护费用，这样结果不仅仅维护效率低，同时也导致了维护成本的增加。因此，在流程管理系统选型的过程中，需要关注流程管理系统的后台管理功能是否强大、是否易于维护。 2、涉及流程管理系统定制开发，流程管理系统维护成本高 定制开发的流程管理系统，个性化需求比较多，涉及了大量的开发，前期需要经过需求、设计和大量的编码，由于很多功能模块是新构建的，系统的稳定性和可靠性相对产品化的模块要差，很多的错误和未满足的需求在后期才能发现。因此，定制开发的流程管理系统相比单纯的产品化流程管理系统后期系统维护的工作量和成本要高得多，这也是很多流程管理系统软件厂商竭力避免大量定制开发的原因之一，甚至不惜遏制用户正常的需求，加上其产品本身不擅长于扩展和定制开发，加上软件项目定制开发的经验不足，可以说是雪上加霜，结果是问题不断，很多问题迟迟不能得到解决。
3、用户需求频繁调整，流程管理系统维护成本高
前期没有充分的进行需求规划和处理，需求过于简单、需求缺乏个性化，导致流程管理系统无法深入使用，需求过于泛化系统边界太宽，很多功能无法实现，系统上线后才发现与实际的情况相差比较大。由于需求不清晰，系统上线后最终用户一边使用，一边不停的提出修改维护，这种情况是最糟糕的，不仅仅是增加了流程管理系统维护成本，反复的修改会导致系统结构不清晰，让系统变得难以维护，系统不稳定。
所以说，需求是流程管理系统的核心，在定制开发的流程管理系统项目中，如果需求和实际需要情况差异比较大，通过系统维护是不能解决，需要返工并重新处理需求、设计、开发。
4、服务体系不健全，流程管理系统维护成本高、软件厂商服务质量差
流程管理系统不支持远程服务，遇到问题需要到现场解决，很多用户是面向代理商的，代理商无法直接解决问题，需要将问题提交到软件厂商，由于责权不清晰，导致很多的问题被无限期的搁置。
5、流程管理系统不擅长扩展，维护成本高
一个优秀的流程管理系统需拥有良好的扩展性、容易维护，因此。一个系统特别是已经正式运行的系统，软件的架构和设计的问题不仅会导致系统难以开发维护，由于系统的耦合性太强等原因，导致新的修改会使现有功能出错和不稳定。
流程管理系统软件的技术架构和系统设计，在这里可以说是得到了充分的体现，是系统的核心和灵魂。
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