流程管理系统在某种程度上只能部分的标准化和产品化，由于其应用于不同的单位和不同的行业，导致其需求的广泛性和多样性，不同于特定行业的管理软件，不少用户在实施流程管理系统系统时提出了很多具有企业自身管理特点的需求。

因此，在流程管理系统具体的实施过程中，会根据用户的个性化需求进行开发，有可能存在二次开发，开发量需要根据个性化的功能需求复杂程度而定，这些功能可能已经超越了传统的流程管理系统所能解决的范畴。