虽然越来越多的企业尤其是大型企业的经营者已开始认识到HR管理的重要性，但是，我国的大型企业在人力资源管理信息化道路上仍然还存在不少困难，HR信息化之路还任重而道远。
第一、管理基础相差甚远。
曾经有一个大型企业就人力资源管理信息化建设的种种疑惑去发达国家进行了一次考察，在考察的过程中，对方谈到：一个企业要想成功实施人力资源的信息化，必须具备三个前提: 网络的畅通、领导重视、流程的规范。回来后，这位负责人自省，三个条件都不是很具备。就拿流程规范这一点来说吧，企业引进一个人，按照正常的流程，应该先有缺岗，再行招聘，然后录用。事实上，现在的企业（尤其是国企）按照这个流程走的很少，非正常进人时有发生，如果HR软件不允许这样的事情发生，那么，他就认为HR软件不能满足他们的需求。很多单位的HR软件经常是善始而不善终，大都与此有关。西方发达国家市场经济已经几百年，管理基础非常完善，我国市场经济才二十几年，管理基础非常薄弱，还处在“以传统管理为主，管理流程逐步规范，逐步与国际先进理念接轨”的阶段。
第二、深层次的文化差异。
西方发达国家 “法制”重于“人治”，当一个人经过考核，被确定为“不能胜任工作”后，“走人”是很自然的，无论老板和员工都会认为是非常正常的事情。但是在中国情况就大不同了，经常能看到一些单位的门前有下岗人员闹事，针对这种情况，一些单位只好延缓了改革的步伐。现在很多HR厂商在设计软件的时候，很少考虑国情，一些绩效考核软件往往只能够支撑用户使用一年，到第二年，考核体系发生了变化，或者因为领导觉得过于透明，不符合中国国情而淘汰不用。经常是花了很大代价推行的HR软件，最终运行起来的只是很基础的部分。
中国地域广阔、人口众多，省与省之间无论从经济上、文化上、思维观念上都有很大的差异，一个集团的下属单位往往分布在贫富不均的不同地区，由于所处环境的不同，不同地区的经济、文化都会有很大的差异，由此衍生的管理也带有了一定的地方特色。只有建立在国情之上，融合国外先进管理理念建立起来的制度才是经得起考验的管理制度。
第三、自行开发难以适应企业变革。
目前，一些较大的企业经常自行组织开发HR管理软件。在他们看来，自行开发软件成本低，上级单位一次开发，基层单位不仅可以多次利用，还可以满足本单位的个性化需求。但实践证明，自行开发的HR软件一般难以成功。一方面，企业内部的开发人员往往因为经验欠缺，没有业务基础，很难完全领会用户提出的需求要点；另一方面，商业软件由于面临市场竞争中的生存问题，往往质量更高，而项目开发由于缺乏这种动因，有可能只是敷衍了事。
与此同时，由于我国目前正处在由传统人事管理向人力资源管理过渡的转型时期，人力资源管理从思想到行动都发生着巨大的变化，今天可能采用的是“薪点工资制”，明天可能就要改为“岗变薪变”工资；今天采用的是“360度考核”，明天可能就改为了“KPI考核”。处于摸索中的人力资源管理随时都可能发生这样那样的变革，这就对HR管理软件提出了巨大的挑战，HR软件如果不能够随着变革而自行适应，软件就没有生命力。自行开发的HR软件是很难做到的。
第四、追求一步到位，造成停滞不前。
一些单位在进行人力资源管理信息化的过程中常常有这样一种情况，该单位根据管理需要决定要搞人力资源管理信息系统，责成相关部门去做。人力资源部就会想：“难得单位立项，一定要多申请资金，一步做到位，以后再申请就难了”。在这样一种心态下，往往倾向去选择一套大而全的“完美”的软件。结果选来选去，没有选到满意的HR软件。事实上，成功的人力资源管理信息化过程应该是循序渐进的，通过我们的了解，现在有一些单位连基础数据库还没有建立起来，仍处在各自为政、数据不能共享的阶段，这样的条件要想一步到位，显然是不现实的。
事实上，能够解决所有问题的“完美”解决方案是不存在的。企业必须要对自身人力资源管理所处的阶段有清楚的认识，盲目追求“完美”很可能导致企业为适应先进的管理模式和业务流程而对现有的管理模式进行大规模的再造，引起一场管理 “革命”。中国企业近70%没有实现完全的市场化运作，因此采用渐进式改造更为合适。如果强行踢开“绊脚石”，很可能最后搬起石头砸自己的脚。因此，对于一个企业来说最好的解决方案就是适合自己的解决方案。
第五、过度招标导致项目失败。
企业在进行HR软件选型时,会有大量的厂商参与竞争。一般的用户都希望引入竞争，“花最少的钱，办最好的事”。因此，招标成了企业达到这一目标的途径之一，但在人力资源管理信息系统招标过程中却存在着一些值得商榷的问题。
HR管理软件虽经几年的发展，但仍处在群雄逐鹿时代。有一些弱势的厂商为了获得项目而将价格报得很低，多数情况下，客户也会顺势以此来引发厂商之间的价格战。最后的结果是：客户集市场上所有软件的优点和长处写成的“完美需求”，以一个最低价中标，这就是所谓的过度招标现象。这种情况下，看上去客户是最大的赢家，实际上它早已违背了“优质优价”最基本的市场规律，一些厂商在客户过度招标状态下做出的种种承诺，往往会在获得项目后大打折扣，这将为项目的后期实施与应用留下大量隐患。于此同时，有些单位负责招标的成员中80%都是非人力资源部门的人员，这就使得本来最重要的软件适用性、易用性等指标被排到了次要的地位。
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