第一个层面是企业战略问题。人力管理系统从出现那天开始，就已经被人赋予了众多的希望，被提升到了企业战略的角度。当人力管理系统已经能够完全替代繁重的人事行政工作手工操作以后，如何通过人力管理系统来帮助企业建立战略目标，管理和监控战略实施过程就成为了众多软件厂家、企业、HR人员思考的一个问题。

第二个层面则涉及到人事风险问题。一个企业在经营过程中，不可避免的会遇到员工离职造成的合同纠纷、薪酬体系调整造成的员工不满、晋升不合适管理岗位员工造成的绩效下降等人事风险。在以往的手工操作时代，这些风险虽然已经受到了企业的重视，但由于数据的复杂性、HR人员专业化程度的不确定等原因，无法有效的避免。

而人力管理系统的使用则可以通过模块化、标准化的设置来帮助企业在这一方面减少损失。如：企业可以通过人力管理系统来有效利用外部资源，与招聘机构、薪酬管理机构、人才评价机构等专业的HR服务提供商进行网络化对接，以保证内部HR工作的科学化、系统性;人力管理系统可以建立能力素质模型，全面评测企业员工，帮助员工建立职业生涯发展规划;人力管理系统可以建立科学的、模块的培训体系和效果评估体系，使得内部培训有据可依等。

问题三：企业管理流程
人力管理系统能够解决的第三个企业问题是管理过程中的一些流程问题。比如请假、加班、转正、岗位变动等。这些行政事务则对流程化、灵活性以及准确性要求较高。

问题四：人事管理效率

人力管理系统能够解决的第四个企业问题就是人事工作效率问题。包括人事档案管理、工资发放等。这些人事管理工作不仅占用人力资源管理人员大量时间，同时手工操作又容易出错。