一体化医疗管理系统的建设
据卫生部信息统计中心2001年对22个省市卫生厅和6921家医院的抽样问卷调查，应用信息管理信息系统的医院已达到总数的31%。按全国县级以上的17，000家医院计算，已达5，000余所医院。但如果我们用一体化信息系统的标准，即覆盖全院的网络系统、自顶向下需求分析得到的完整功能设计、精心设计的逻辑集中的数据库结构和数据发生地一次性录入，全院共享来衡量，恐怕真正实现的不及1，000所。如果用医疗管理系统建设最根本的目标：全面实现经济核算、质量控制和绩效评估等决策支持功能，能达到医院运营的低耗、优质、高效的目标，更是凤毛麟角，屈指可数。
系统的安全性
系统的安全性（7×24小时安全持续运行）是已投入运行的医院系统的生命线。系统安全性正在成为困扰医院院长和信息主管的重大问题。一方面，这说明医疗管理系统确实已成为医院正常运行的基本保障系统；另一方面，由于我国的医疗管理系统大多是由微机、微机网络发展而来，极少经过企业级信息系统的磨练，对系统安全性的认识和经费投入不足是一个普遍的现象。
系统安全性的实现不仅仅是个认识问题，更是一个资源问题（财力、人力、技术）。安全是花钱买来的，这同家庭为了防盗买锁，装安全门，安装电子、红外保安系统是一样的。是靠投入人力严格管理和维护的，是IT高技术支持的。一个医院的院长如果对此没有清醒的认识，为了节省有限的投资而使系统常年处于随时可能宕机、丢失数据的危险之中，那是愚蠢；一个信息主管不向院长提出完整的系统安全解决方案并且预先言明利害，那是失职。
医疗管理系统安全性的设计与实现在信息系统建设的投资中会占据越来越大的比重。像美国改造每个医院的信息系统使其符合HIPAA的要求一样，中国成千上万家医院迟早会把系统的安全性保证列入需求的首要位置。
管理系统对决策的支持，成本核算是重要内容
医疗管理系统的建设实际上类似于企业建立自己的ERP（Enterprise Resources Plan，企业资源规划）。信息系统对管理决策的支持，经济管理、成本核算是最重要的内容。
成本核算是指对生产、经营过程中所发生的生产费用进行审核，并按照一定的对象（医院是部门、病种、项目；工厂是产品）和标准进行归集和分配，采用适当的方法计算出该对象的总成本和单位成本。通过成本核算，不仅可以考核成本的执行情况，揭露经营中存在的问题，还可以为制定经营战略提供依据。 医院的部门级全成本核算正在成为越来越多的医院所追求的目标。尽管医院对成本核算的需求十分迫切，但真正实现起来却很困难，特别是精细的能辅助医院经济管理和分配的全成本核算。同时应该指出，医院的部门级全成本核算是一个新生的事物，没有成型的道路和方法可以遵循，大家都在摸索。虽然面向生产和产品的成本核算已有一整套的理论和方法，但由于环境和目标的不同，我们只可以参考，不能够照抄照搬。
临床信息系统
在医疗管理系统成功运行之后，医疗管理系统的重点一定会转到临床信息系统的建设上来，这是客观规律，全世界均是如此。
临床信息系统的内容纷繁复杂，其建设与实施需要耗费大量的资源。决策者对此要有清醒的认识。其核心是门诊医生工作站（诊间系统）和病房医生工作站的建设。系统收集的任何病人临床信息只有通过医生工作站才能提供给医生使用，充分发挥效益。其次是临床实验室信息系统。据文献报告，尽管当今医院拥有多种辅助检查的工具与手段，但医生对病情的诊断75%以上是依据实验室化验结果。它具有提供医生迅速、方便、准确地获知病人化验结果的能力，则会受到医生的普遍欢迎与认同。再其次是功能检查报告系统和各种专用的医技科室信息系统,像手术室（ORIS）、放射科（RIS）、病理科（PIS）、ICU/CCU等信息系统。
电子病历
我国很多人把电子病历简单地理解为临床医疗文档（入院记录、病程纪录、手术纪录、会诊纪录、出院纪录等）的计算机化，类似于Word对自由文本的处理，这是不正确的。实际上，电子病历是医院临床信息系统发展完全化的一个结果，是以病人为中心的信息集成与相关服务，不是可以单独追求的一个产品。它不仅应该包括病人全部的临床信息（数字、文字、图形、图像），而且还包括丰富的医学知识与联机服务。
电子病历实现的困难是多方面的:有来自技术的，也有来自法律方面的。美国有了HIPAA，虽然实现起来不容易（期限一再拖延），但毕竟已经获得承认和有了遵从的标准。我国迄今电子病历并未获得法律承认，任何临床纪录只能以纸介质经手工签字才能生效。还有医疗管理部门与高年资医生在使用电子病历上的心理障碍，如对医疗质量、病历“克隆”、复制，低年资医生病历书写能力培养负面影响的担忧等等。最后，我国临床医学知识库领域研究、开发、应用上的落后状况，使得电子病历系统开发出支持临床咨询与决策、提示与警告、减少医疗失误与差错等临床医生迫切需要的功能变得十分困难。
突发公共卫生事件与医疗救治信息系统
如果我们国家每个医院都建设了比较完整的医疗管理系统，该系统可以及时、准确地收集到规范化的急诊和住院病人个案的信息。国家授权部门可以用抽样汇总的方法据此监控全国各个地区就诊人群疾病谱的变化。医疗管理系统就像是散布在全国各个角落的传感器，一旦有什么“风吹草动”，卫生部或者CDC的“突发公共卫生事件预警系统”就会发出不同级别的警报，并给出区域和原因。媒体常常把我国人民与“SARS”的斗争比作战争，那么医疗管理系统就类似战争最靠得住的情报来源。 ..
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