(一)传统的内部控制制度跟不上发展需要 在ERP系统下，传统的会计系统操作程序如会计核算方式、数据处理流程等都发生了较大变化，至使企业内部控制的内容也将发生相应改变。然而，在实际的企业管理过程中许多企业的制度意识还较薄弱，相配套的管理制度修订的跟进还不及时，导致管理工作及程序存在漏洞，造成企业会计信息或数据失真等现象产生。 (二)内部控制的范围不断扩展 在ERP系统下，内部控制的内容有别于传统时代的内部牵制，除去保证会计资料的完整性、提高会计的分析决策能力和工作效率，建立科学的岗位责任制，防止浪费和舞弊行为等共同内容外，其范围将进一步扩大，主要表现在：对系统开发过程的控制、系统权限的控制、网络系统安全的控制、数据编码的控制以及对调用和修改程序的控制等，同时，由于会计数据也需人为输入、会计软件需要人工进行管理和维护，因此，维护人员与计算机操作人员的内部牵制，计算机操作管理、系统管理员、系统维护人员等的岗位职责等也被纳入内部控制的范畴。 (三)传统的内部控制形式发生改变 在ERP系统下，会计凭证的正确性不再需要通过账证相符、账账相符、账实相符等内部控制方式来保证数据的正确性，只需将原始数据输入计算机后便能实现会计数据的全面共享，自动生成许多所需帐表，事半功倍。那么，内部控制的方式便应转移到计算机内部，如编制科目汇总表、试算平衡检查、总账和明细账的核对、余额和发生额平衡检查等。由于会计电算化的程度不同。程序化控制的数量也会有所不同，一般来说，电算化程度越高，采用的程序化控制要求也越多。 (四)传统的内部控制重点有所转移 在ERP系统下，会计工作的绝大部分将由计算机系统进行处理，企业内部控制的重点相对传统会计的内部控制必定有所转移，所以控制重点将在会计信息的输入输出控制、人机交互处理的控制、计算机系统问的连接控制、组织结构和人力资源管理等方面进行强化，尤其是原始数据的输入，在电算化系统中，电子数据是由会计软件对原始数据进行处理后生成的，其输出数据的正确性与输入数据的正确程度息息相关，因此，确保输入数据的准确性成为保证会计信息质量真实、完整、准确的基本前提；其次，计算机系统是由岗位人员进行维护、管理、控制的，严格管理计算机的系统密码，严格划分管理人员操作权限，健全计算机硬件和软件的日常维护以及在排除故障时的治理措施，也是内部控制的重点，只有这样才能保证会计数据的安全性和完整性。”
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