HR系统实施过程是需要企业员工的积极配合，但是没有人喜欢改变自身的习惯，实施HR系统大量的工作容易造成员工的抵触和不满，若是在高层政策宣导不够的情况下，容易让员工对HR系统产生信心危机，不进行积极配合，从而排挤系统的实施，这样轻则会导致HR系统实施延迟，严重会直接导线系统项目失败。
目前很多企业的HR系统项目都是由HR部门提出的，整个项目基本由HR和IT部门主导，但在需求制定过程往往只考虑自身部门的功能与便利性，并没有考虑到企业其他业务部门的需求，还有中高层所要的信息整合与公司决策管理需求，这样造成HR系统无法完全满足企业需求，无法推进全面的信息化管理。
HR系统涉及较为多专业的IT方面知识，IT部门的确是要负担较大的技术责任，但他们具备的仅仅是专业IT知识，对企业人力资源管理情况并不熟悉，其主要是提供IT方面的协助，从软件厂商与HR系统产品评估到各部门意见整合，都不应该由IT部门主导，真正在实施过程与HR部门以及其他部门之间的配合才是HR系统实施成功的重大因素。
很多企业HR系统实施失败是因为派用经验不足的管理层或是IT部门负责，这些人员在没有充分了解的情况下很容易与软件厂商形成认知差异，同时HR系统实施过程跨部门整合改革之间容易产生的冲突，若部门之间的和与软件厂商的争议没有领导层进行协调，HR系统需求功能细节没有领导层进行确认，那这样系的实施会十分难以推进。
