ERP管理系统的灵魂是蕴含于其中的管理思想，技术是支撑，其中的重要内容是业务流程优化。不以业务流程优化为目标和基础的ERP，就会成为IT黑洞。 ERP系统把企业的物流、信息流和资金流整合在一起，实现了会计信息、其他管理信息和业务信息的集成。通过事前设置和后台的处理，将业务流程最优化，随物流自动生成财务信息。它将会计信息的输入口延伸到业务最前端，多维度记录业务信息，包括物流信息、客户和供应商信息、货币信息、企业内部计划、预算等。如业务人员销售产品，业务人员在系统中填制销售订单，登记销售产品的时间、客商、数量、金额等信息，仓库管理员根据订单按实际发货数量生成出库单，在登记完成时系统后台自动生成会计信息：借：应收账款一A客商，贷：主营业务收A--B产品，应交税金一销项税额。会计信息内嵌到管理信息系统中，除了得到会计分录以外，还可以以事件驱动的方式获得按照各种纬度汇总的财务信息和其他业务信息，以满足信息使用者的各种需要。
ERP管理系统对管理理念转变认识不足 我国ERP管理系统缺乏系统思想，对ERP不能深入全面的认识。一个ERP系统通常都带有着自己的管理思想和管理模式，企业在准备购买和应用ERP系统之前，就应清楚地意识到即将应用的ERP系统将会对自己原有的管理思想与管理模式产生冲击，有些企业没有认识到实施ERP是管理模式和管理方法的变革过程，只简单地认为应用了ERP系统就实现了ERP式的企业管理。 实施EPR的过程，是用现代管理理念，对企业传统的、落后的、不适应市场需求的管理模式的一种脱胎换骨的革新和再造，对企业的管理权限、管理职能、管理方法、管理效果都将进行根本性的改变，它涉及到诸如权力、职位、利益等方方面面的重新再分配。诸多的ERP失败案例，根本的原因在于企业旧有组织模式，未能随着企业信息化的进展、业务流程的改变而变革。ERP系统所带来的不仅仅是一套软件，更重要的是带来了整套先进的管理思想。只有深刻理解、全面消化吸收了新的管理思想，并结合企业实际情况加以运用，调动起全员的积极性、坚持全程的参与和持续的改进，才能充分发挥ERP系统带来的效益。
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