1.制度控制。
ERP的制度控制主要是指：组织和人事管理制度、操作管理制度、文档管理制度、机房管理制度、系统开发和维护制度等。因为ERP的实施，是一个系统工程，因此实施起来涉及到的内容和部门众多，制定合理的制度能够有效来进行管理，发挥ERP系统的最大价值。这种制度控制是结合企业自身制定相应的合理的制度，并且要结合管理部门实行，保证软件的正常安全运行。
2.程序控制
程序控制是针对软件自身的控制。其中包括了：身份和权限控制和ERP系统升级修改的控制。这两方面的控制主要防范系统感染病毒，保证数据安全，系统稳定，防止数据被窃取。
3.岗位控制
ERP的实施是一个系统工程，因此需要有专业的人才来进行管理。因此也有了ERP顾问的岗位。对岗位的控制主要是在管理维护人员，操作人员，紧急预防人员等。岗位的控制还需要明确每个工作的职责范围，制定每个岗位的奖惩措施，便于企业进行人员的控制。岗位相互合作同时也需要相互制约。
4.审计职能的控制
由于审计是以内部控制系统为基础的，外部审计人员为了对被审计单位会计资料的公正性发表意见，必须首先研究和评价内部控制。内部审计人员亦如此，他们从评价各部门的内部控制制度入手，在生产、采购、销售、财务会计、人力资源管理等各个领域查找管理漏洞，识别并防范风险，查错纠弊，对既成损失提出应对策略等，而且有时内部审计还直接以完善内部控制为目的。因此被审计单位应认真听取审计人员的宝贵意见，不断完善内部控制系统。
5.人员素质的控制
ERP系统是对企业的整体进行信息化管理，相对于传统业务管理来说，能够有效控制大业务量，提高效率的作用。这对操作ERP系统的人员的素质就提出了新的要求。在人员需求上需要计算机专业人才，财会专业人才，管理专业人才及一些复合型人才。对人员素质的控制可以说是ERP系统内部控制中比较重要的一环。没有好的人才，系统也不能发挥最大效用。
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