一般来说，企业购买HR系统之后，可以为企业解决四个层次的问题。
第一层次是解决企业人事工作效率问题。包括员工信息管理、人事档案管理、人才需求管理、工资发放等。这些人事管理工作不仅占用人力资源管理人员大量时间，同时手工操作又容易出错。利用HR系统可以轻松解决这类问题。大大提高人事管理的效率，最重要的是，避免了手工输入的错误，保证了HR数据的准确性。
第二层次是解决管理过程的流程问题。如请假、加班申请、转正、报销、培训申请等等。这些行政业务对流程化、灵活性以及准确性要求较高，如果只是书面申请，层层审批下来耗时，也不利于节约成本。而利用HR系统解决这些事务可以实现无纸化办公，同时也保证流程的规范。如HR系统就提供了员工自助服务，员工可以在系统中对以上HR系统事务自助申请提交审批，节省了人事管理部门不少的时间。
这两个层面实际上是HR系统应用的初级功能，也是目前HR系统在企业中应用最为广泛的功能。通过这两个功能，人力资源管理人员能够从传统人事管理工作中那些简单而又繁重的行政事务中解脱出来。人事管理的工作效率得到了有效的提高。数据登录的准确性和及时性也有了保障。
第三层次则涉及到人事风险问题。一个企业在经营过程中，不可避免的会遇到员工离职造成的合同纠纷、薪酬体系调整造成的员工不满、晋升不合适管理岗位员工造成的绩效下降等人事风险。在以往的手工操作时代，这些风险虽然已经受到了企业的重视，但由于数据的复杂性、HR人员专业化程度的不确定等原因，无法有效的避免。
而HR系统的使用则可以通过模块化、标准化的设置来帮助企业在这一方面减少损失。如：HR系统可以建立能力素质模型，全面评测企业员工，帮助员工建立职业生涯发展规划；可以建立科学全面的绩效管理体系，实现真实公平的绩效考核；可以建立科学的、模块的培训体系和效果评估体系，使得内部培训有据可依等。
第四层次是企业战略问题，这是HR系统最深层次的功能。也是体现了HR系统价值的最大化。HR系统自带了强大的报表生成器，企业管理者可以根据需要自定义生产HR系统报表，通过报表数据分析，透析企业人事发展的规律，为企业决策提供数据支持。
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