大多数的公司决定引入ERP系统的主要目的之一，就是要改善那些缺乏弹性的老旧ERP系统，以因应产业制造环境改变并符合企业未来市场竞争力等需求。
即使ERP一再强调能提供企业最佳的工作模式，但也不是现有的所有系统功能都能够被其取代，而且不同的行业间其作业模式差异很大，企业在导入ERP 的过程中，势必会面对一些一些符合自己需求的自定义定制问题。
企业所会面对的ERP定制化问题大概可以分为普通定制化问题与特殊产业定制化问题二类。
1.普通定制化问题
普通定制化问题的产生，大都是受企业原有的旧系统、企业组织文化和管理方式的不同而有所不同。因此，对于ERP系统厂商或顾问而言，这类的定制化需求，通常是无法事前预知的，最好也不要直接建议企业以定制程序方式来加以解决。
(1)受旧系统影响所产生的定制化需求
许多企业在导入ERP系统的过程中，都会习惯地将原有的旧系统所提供的工作方式与功能，拿来与ERP系统做比较，因而产生定制化的需求，但这些定制化问题的发生并不一定是绝对必要的，往往只需要经过企业流程再造来重新适应ERP新的工作流程与操作方式就可以解决。
(2)受公司文化影响所产生的定制化需求
每个公司都会有其牢不可破的公司文化与工作、运作模式，当企业进行ERP系统导入时，若非ERP系统没此功能，就是ERP系统所提供的功能不符公司所需，此时就会有定制化需求的产生。
(3)因特定核算方式不同所产生的定制化需求
虽然大多数ERP系统都自己宣称可以提供最佳的工作、操作流程与模式，但各公司往往仍有为达到特定核算要求而有定制化需求的产生，但此类定制化需求以输出报表居多。
例如，目前各ERP系统都提供了信用额度与最低售价管控的功能，唯其管控方式与控制点略有不同，因此各企业可能会因现实环境的需要，而要求ERP系统稍加定制(增加核算控制点、警示讯息或检核报表)，以符合公司在特定核算上的目的。
2. 行业/产业定制化问题
所谓的行业/产业定制化问题，就是在该行业/产业中的各公司，因面对相同的产业环境、相同的产业作业流程与特性，在推动ERP系统导入时会共同面对的定制化问题。
此类的定制化需求，因对该产业有其重要性、特殊性与竞争性，且其解决方式大都可加以模块优化，而成为ERP系统功能中的一部份。
例如，早期的国外ERP软件，因不支持大陆地区及台湾特有的统一发票与海关作业，以致于都须额外付费定制这部份的功能，或这单独购买专为该ERP系统所开发的统一发票系统或海关系统软件包，这样不但造成ERP项目部署实施时间与成本的增加，而且系统的操作接口与整合性都将是一大考验。由于统一发票与海关开立作业是大陆及台湾各产业所共同会面对的定制化问题，因此目前都已成为国外各大ERP软件系统功能中的一部份。
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