全面预算管理缺乏科学的预算分析和考核体系 精确的预算分析和适当的考核体系是全面预算管理工作的核心内容。目前我国部分企业仍缺乏科学的预算分析和考核体系，会计核算对预算的支持力度不够，无法及时、全面获取预算分析所需的实际数据，且大部分企业信息化程度不足以支撑实时在线分析，预算分析难度大、复杂性高。同时，预算考核并未落实到具体的责任中心，考核体系不健全，责任主体不明晰，缺乏相应的激励机制和约束机制，预算考核工作流于形式，致使各部门对预算执行控制意识不足，积极性不高，易造成预算超标的情况。
全面预算管理意识不强，基础工作薄弱。 虽然全面预算管理在我国企业得到了广泛的应用，但一些企业在全面预算管理的意识上仍比较薄弱，对预算管理的认识过于片面，认为预算仅是财务行为，是对各类报表进行制作和预测经营结果，致使企业的一些部门容易将部门指标与预算管理目标分离开来，企业管理者无法获得准确的财务信息，难以实现企业资源合理配置的初衷。同时预算管理基础工作薄弱，信息化程度不高，无法积累大量有用的预算基础数据，普遍存在重编制、轻执行的现象，过于关注利润等相关财务指标的结果，对预算执行过程没有进行及时的跟踪和调查。 全面预算管理预算执行和控制不到位 目前我国企业全面预算管理工作的一个主要问题是对预算的执行与控制不到位。一方面，重编制轻执行的问题较为突出，编制搞得轰轰烈烈，而执行只是走过场，即使在一些重视预算执行的企业，预算执行更多的也是放在财务部门，这也就使得管理者无法及时判断企业所有支出是否合理和必要，通常也会增加财务部门与其他部门的矛盾，管理效率降低；另一方面，对预算的执行缺乏有效的监控措施，没有建立预算预警机制，控制手段主要以事后控制为主，缺乏事前和事中控制，信息化程度不高也导致企业缺乏有效的工具和手段以支持对预算执行的动态过程监控。
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