客户管理系统主要应用在以下3个方向：
营销自动化（MA）、销售人员自动化（SFA）和客户服务。这3个方面是影响商业流通的重要因素，并对客户管理系统的成功起着至关重要的作用。
客户管理系统应用在客户服务
客户服务主要集中在售后活动上，不过有时也提供一些售前信息，如产品广告等。售后活动主要发生在面向企业总部办公室的呼叫中心，但是面向市场的服务（一般由驻外的客户服务人员完成）也是售后服务的一部分。产品技术支持一般是客户服务中最重要的功能，为客户提供支持的客户服务代表需要与驻外的服务人员（必须共享/复制客户交互操作数据）和销售力量进行操作集成。总部客户服务与驻外服务机构的集成以及客户交互操作数据的统一使用是现代CRM软件的一个重要特点。
客户管理系统应用在营销自动化
是分析销售和营销的所有主要方面（如赢利），并且将其与客户活动数据和ERP数据关联起来，以便进一步改进营销策略。
客户管理系统应用在销售过程自动化
SFA是CRM软件中增长最快的一个领域，它的关键功能包括领导/账户管理、合同管理、定额管理、销售预测、赢利/损失分析以及销售管理等。
销售功能的自动化是实施CRM时最困难的一个过程，不仅是因为它的动态性（不断变化的销售模型、地理位置、产品配置等），而且还因为销售部门的观念阻碍了销售力量的自动化。销售部门一般习惯于自己的一套运行方式，往往会抵制外部强制性的变化。在销售过程自动化的过程中必须要特别注意以下4个方面：目标客户的产生和跟踪；订单管理；订单完成；营销和客户服务功能的集成。
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