ERP系统的管理思想，从大的方面来说，是系统的思想，把企业经营过程所需的所有资源纳入到一个系统中进行统一调度，有效安排。因为在同一系统中，数据可以共享，也可以相互约束。从微观层面来看，ERP系统所关注的具体经营环节，比如车间作业的下达与完工、货物的出入库等等基本业务。先进的ERP系统中应用程序模块都是根据行业里“最好的经验”设计的，但仍具有一定的灵活性，很多管理思想都可以在系统中实现。
例如在企业实施ERP的时候，既可以模拟企业原来的手工操作，也可以采用行业标竿企业中的先进方法优化流程改造程序，但两个指导思想下实施ERP后创造的效益确是天渊之别。目前大多数ERP系统项目都是借助IT技术，简单优化流程，使得企业的各项业务能在ERP系统中运作起来，项目就算完成了。这样的 ERP系统只是利用了ERP系统的工具，却不能真正运用ERP的先进管理方法，创造出最大效益。
真正要让ERP系统应用产生比较好的效益，除了利用ERP系统的技术外，还需要引入先进的管理理论、思想和方法，将先进的管理思想与管理技术结合起来，才能最有效提升企业的管理水平。当然这对咨询顾问提出了更高的要求，ERP系统实施顾问不仅是技术人员，更是管理人员。即ERP系统实施人员不能仅仅对系统比较了解，更需要对企业的业务了解，还要熟悉该业务操作下可适用的优秀管理方法，并将优秀的管理方法灵活运用到企业中去，提升企业的管理水平，谋求效益的提升。因而ERP项目不仅是技术项目，更是管理项目。
所以企业在实施ERP系统的过程中，需要相应的管理变革，即需要做一些流程优化、组织机构和管理制度及管理方法的变革工作。只有结合了管理方法变革工作的ERP系统实施与应用，才能最大效度地为企业创造效益。
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