(1)ERP管理系统不同版本的选择
与零起点不同，对老ERP系统进行版本升级，起点一定更高。因为企业内部的系统用户已对ERP管理系统形成了判断能力，如果新系统在不少地方比不上老系统，新系统是无法推行下去的。正因为对起点有更高的要求，而且同一厂商的ERP系统也往往会有许多不同的版本选择,因此企业需要经历艰难的抉择。
事实上，ERP管理系统升级的选择风险并不比重新选择一个ERP系统的风险少，这种风险体现在：如果是一个没接触过ERP的用户，脑子里一片空白，系统功能说什么是什么，他们将比较容易接受厂商的观点，这虽然造成了信息的不对称，但有利于项目的实施。但对于版本升级的ERP产品来说,用户对业务需求会有很多自己的理解，争执的机会也会大幅增加，而且业务部门人员容易把新系统与原系统进行比较，这些在某种程度上都会给产品的升级带来风险。
(2)如何处理旧系统的二次开发
一般来说，企业的ERP管理系统，大多会有一些客制化的二次开发应用，而这些量身打造的功能，往往也成为ERP系统升级最大的痛苦。因此，每一次的ERP系统版本升级，都必须先完成之前二次开发的改版与升级测试。然后，才能进行下一步ERP管理系统版本升级。
(3)新版本稳定性的风险
新版本可能不及企业正在使用的旧版本稳定性好，就是企业在进行ERP管理系统版本升级最担忧的事情之一。毕竟旧版本客户已经使用熟悉了，对各种情况都非常了解。新推出的升级版本与上一版本相比，虽然模块和功能也增强了很多，可能技术水平也得到提升。但稳定性方面按照国际软件工程规律往往可能不及上一个经过不断更新的版本，可能还要再经过进一步推出的版本才能完全稳定下来——这在软件业是非常普遍的现象。
(4)如何迁移旧数据
有句话形容数据在ERP管理系统的地位，就是“三分技术、七分管理、十二分数据”。升级系统意味着现有ERP系统中的有效数据要导入新系统。能否有效的导入数据，这对ERP系统切换以及新系统是否正常运行有着重要影响。尤其是在现有ERP系统运行数年，积累了上百GB数据的情形下，更需要仔细衡量历史数据的有效性和对新系统的影响，以及数据迁移的方式和方法。
版本升级因为涉及到某些功能的变更，这决不仅仅是数据库在不同存储设备之间数据迁移那么简单，它更像是对以前ERP管理系统数据以及ERP管理系统业务流程的重新审视和考核。数据迁移稍有不慎，便会造成新系统不能正常启动，而迁移过多垃圾数据，将有可能使新ERP系统运行缓慢、甚至瘫痪。因此，数据迁移往往是ERP管理系统版本升级最重要的环节之一。
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