对于项目型企业，仅仅关注项目管理系统建设，还是无法获得综合能力的提升。因为单一的项目管理不能解决包括客户、流程、项目、财务、文档、员工、合同等所有的问题，因此需要借助一定的项目管理系统实现整体协同效应，提高项目管理的效率。
项目管理系统可以通过建立门户管理、项目管理、流程管理、知识文档管理、客户管理、财务管理、人力资源管理、配置管理、权限管理等模块，实现计划管理、目标管理、文档管理、资源管理、客户管理、合同管理、营销管理、财务管理、问题管理等功能，最终通过简单的门户界面实现远程协同管理。
通过建立公司级项目管理系统，确立考核和激励关系，并利用项目管理系统提升企业综合项目管理能力，可使得中小软件企业压缩项目管理成本、提升项目成功率，适应当前较为严峻的外部环境。通常情况下，企业需要借助项目管理系统来解决以下问题：
1、项目流程环节多，沟通不畅，协作困难，执行力差
2、多项目过程监管不力，进度延期，问题众多
3、过程文档管控混乱，知识经验难于沉淀和重复利用
4、领导难于及时获取项目数据报表，决策不科学
5、资源调配不合理，资源利用率低，人工成本居高不下
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