企业ERP系统就是对企业内部物流、资金流和信息流实施优化管理的。
而电子商务主要涉及到的是采购与销售业务，实质是网上电子采购和网上电子销售，它们只是使企业原有物流和资金流分别增加了一个入口和出口，并成为新物流与资金流的一部分而已。这就是说，通过重组企业组织结构及业务流程，电子商务可以融入企业的供应链中。只不过对于网上模式，客户的订单、企业的采购单要由网上形成和交付，货币收支亦在网上进行。
ERP系统作用于企业的整个业务流程，其应用层次分为三层：决策层的数据查询与综合分析、中间层的管理与控制、作业层的业务实现。而电子商务主要在于作业层的业务实现，具体来讲，是采购和销售业务的网上实现，也包括为市场营销提供网上辅助手段，例如，网上产品发布、网上商机搜索、诚信认证、即时通讯等。
根据我国企业目前的内外部条件，企业在引进电子商务时，不会完全摒弃传统的采购与销售模式而单单使用网上模式，而是两种模式、两个系统会共同存在，互为补充。当然，在今后，网上模式会越来越占优势。
从传统的电子商务载体――电子商务网站来看，其最大的特点在于它基本上是一个“电子贸易”市场的概念，企业在上面发布信息，进行交易，但是他们本身并不管理这些交易，也不去管理最终的信息交易的情况。这就使得企业从电子商务网站上获得的信息，与企业内部ERP管理系统获得的信息成为一个分离的状态，数据不能充分共享，造成资源浪费。同时，两套分离的系统也为企业增加了投入成本。
理想的电子商务运用状态是怎样的呢?市场营销部通过网络ERP软件(亦称可扩展的、支持电子商务的ERP，即eERP)可以及时、准确地掌握客户订单信息，并按时间、地点、客户统计出产品的销量和销售速度，经过对这些数据的加工处理和分析对市场前景和产品需求做出预测，同时，把产品需求结果反馈给计划与生产部门，以便及早安排某种产品的生产和相应投入品的购进。
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