利用医疗管理系统信息化搭建一个与医院发展规模相适应、规范并优化工作流程、有效促进管理水平提升的医疗管理系统是破解医疗科日常管理难题、积极探索新思路、新方法的创新手段，也是推动医院整体效益提高的重要举措。
医疗档案管理是医疗管理的重要组成部分。医疗管理系统的医疗档案管理详细记录了医疗的性能和技术指标，有助于人们了解医疗性能、熟悉医疗的使用方法、合理地使用和维修医疗，有助于提高医疗的使用率和完好率。医疗管理系统的医疗档案记载了医疗在医院的全过程，医疗管理系统可以对它进行分析和综合评价，为医疗的效益分析提供科学依据；医疗管理系统为医疗的引进、合理选型及医疗的报废提供依据。
医疗管理系统医疗档案的内容：医疗采购资料，包括申请购置可行性论证报告、招标谈判记录、采购合同、发票复印件、装箱单、商检单、免税单、通关单、验收安装调试报告、随机技术资料、使用维修手册、线路图、计量检测记录故障检修记录等。医疗管理系统安装调试好后，档案管理员就必须通过医疗管理系统收集好以上各种资料，并进行整理、分类编号、编制检索目录、建立卷宗、定期整理、统计分析、做好借用登记、限期归还，确保医疗档案资料的完整。
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