一般的厂商选择二次开发服务的技术人员水平不是很高，设计能力有限，很多都是直接在项目管理系统的源码中进行修改，这种做法带来了两方面的不良后果，一是在产品中引入新的错误需要经过一段时间的运行后稳定下来，二是如果使用厂商新升级的版本则需重新整合、代价高。
随着项目管理系统产品技术的逐渐成熟，越来越多的项目管理系统厂商开始提供开源型项目管理系统，支持源代码的开放，对企业用户来说这无疑是一大福音，借助源代码，用户可以自主进行项目管理系统的二次开发，增加了企业在信息化运用方面的主动性。
然而不得不提的是，即使提供了源代码，项目管理系统的二次开发业也不是一蹴而就的事。由于项目管理系统的二次开发接口，主要针对专职程序设计人员，往往因为实施周期长、风险大、费用高影响了企业项目管理系统的正常应用。
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