1、最终用户对软件的应用要求高
对项目管理系统的应用要求高，在一定程度上代表其应用的程度深、个性化需求较多，对每个功能使用得比较深入，而一般的项目管理系统厂商很难对项目管理系统处理的那么细致，此时需要通过项目管理系统二次开发进行完善。如果项目管理系统的设计和结构不适合扩展和调整，二次开发的需要付出更多的时间和代价。例如：有些用户经常会遇到这样的情况，只有通用的功能软件厂商才答应开发修改。
2、某些二次开发的团队缺少项目经验
这点容易被忽略，做过项目的人员都知道，从项目的需求、设计、开发各个阶段环环相扣，需求阶段缺少沟通或基本上都是无效的沟通，用户的需求和实现的结果差异大，项目管理系统的设计和开发被频繁推翻，二次开发周期无限延长；项目管理系统的设计师整个系统的生命和灵魂，项目管理系统设计差、缺乏灵活性和基本的扩展性，用户需求的变化和系统修改导致项目管理系统出现新的错误和不稳定、反反复复在修改和测试，二次开发周期无限延长。
3、实施过程中需求频繁调整
很多用户在上项目管理系统之前没有很好的规划，不同的用户对项目管理系统有着不同的理解，以前也没有接触过项目管理系统软件，系统实施过程中频繁调整，无形中增加了很多的二次开发工作量。很多用户的需求、特别是细节和深化应用的需求都是零星提出来的，这对项目管理系统的设计、架构和二次开发的模式提出了挑战。
4、现有功能不能满足用户需求
这点在项目管理系统实施过程中比较常见，很少有项目管理系统厂商做到标准产品能够一次性满足用户所有需求，这也是由项目管理系统的特点决定的，未能满足的需求一般只能通过二次开发进行解决；当前有些通用功能可以放在新的升级版本中解决，但周期长用户难易承受。
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