1、存在数据的安全问题云OA办公软件数据存储在运营商的服务器上，存在数据保密性和数据安全的隐忧，部分用户单位对此也存在不同程度的顾虑，尤其客户和供应商数据一旦被泄露或被竞争对手获得，对公司的影响和损失是不言而喻。而日后如果涉及到OA办公软件系统更换，数据的迁移的代价非常高（很多的用户只能是选择放弃数据）。
2、存在数据安全问题对于长期使用OA办公软件的单位，没有好的技术支持服务、核心OA办公软件需求无法实现，按年租赁累计的费用远超过一次性的购买。因此，在实际使用中，云OA办公软件用户单位对OA办公软件使用的时间都不长。
3、难以有效的满足用户需求SaaS云OA办公软件一般提供的是通用的OA办公软件功能，对于有着深入和长久信息化需求的用户，使用云OA办公软件并非长久之计，多样化的个性化需求的满足是其最大的问题。
随着用户对OA办公软件应用的深入，各种深入的个性化需求接踵而至，但很多云OA办公软件提供商基本上不提供这类服务，导致云OA办公软件不能有效满足用户需求，成了可有可无的“鸡肋”，OA办公软件的使用成为单位人员的负担；
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