以项目系统为基础，可将公司各种与项目相关的关系通过集中、明晰的方式管理起来，进行统筹协调。在企业的经营活动中， 一般企业存在着事务型和项目型两种工作类型，这两者之间存在一定的重叠。另外，项目的管理需要企业内部开发、测试、销售、财务、市场、物资、运营等部门的密切配合，利用项目系统，能够打破部门的界限按照项目管理的需要建立企业矩阵式的工作模式，将与项目管理相关的部门通过集中、明晰的方式管理起来。这样可以将事务型工作和项目型工作区分开来，避免因二者隐含和混淆的关系而影响项目的管理效率。
如果能将公司的项目系统与其他软件系统进行相应的关联和集成，从而形成一个整体高效的大的管理平台最终形成统一高效的企业管理平台，使企业各个部门和管理系统进行同步。项目系统协助实现企业的上级领导对企业相关信息的实时掌握和决策，同时采用项目系统能将相关的管理等部分整合进去，从而提高项目实施的效率降低企业的管理成本。
项目系统是企业改革、创新的重要管理方法，市场竞争越来越大，并且随着经济环境的不断发展，企业需要不断根据实际情况适应性的市场变化，重新组织企业资源，整合工作流程，加强技术创新是企业提升竞争力的有效方法，变革管理已经成为企业适应变化而生存的基本出路，而项目系统正是被实践证明、且行之有效的变革管理方法。
