项目管理系统实施必然会导致企业的各个职能部门的工作发生变化。如果实施不当，不但会造成系统实施失败，而且企业的经营也会因此而承受经济损失。因此，针对项目管理系统系统的实施，必须进行严格的项目管理。
很多时候，在项目管理系统项目启动阶段，我们都忽略了对项目目标的制定。目标也就是预期，它是是项目管理系统是否运用成功的重要依据。在大多数工程企业中，很多情况下，企业制定的目标都是：项目管理系统项目成功上线。
使用项目管理系统进行优化的的企业，一般来说自身的业务流程并非完全合理，需要在项目管理系统上线过程中同步完善。在项目管理系统上线前，需对现有业务流程进行综合评估，判断是否需做流程变更，以及变更流程对客户产生的影响，新流程能带来哪些方面的优化和增值。
想要实现这两个目标。最好的方法是在每个项目草创之初设立专门的数据管理部门，专门负责整理数据，利用项目管理系统能够加快数据整理过程，降低难度。
再强大的项目管理系统，再精确的企业管理机制，也不能完全消除风险，所以最好的办法是制订一套妥善的应对措施、应对流程，主动接受风险。在突发情况发生后以最快的速度解决，把损失降到最低。
