1. 忽略最佳实践 如今市场上的ERP系统，本质上说，已经包括了业界最好的一系列解决方案。通过添加定制的应用来代替ERP系统自身的原有功能，企业实际上是在拖延摆脱他们固有低效做法的时间。 2. 升级变得更复杂 企业采取定制的方式能让ERP系统与他们企业流程更好地集成。按照实施项目负责人的期望，ERP系统往往应该为员工在最重要的工作上提供完美的服务。但是随着越来越多的附加应用被安装，今后ERP系统的升级工作会变得异常困难。面对更加复杂、昂贵的升级方案，企业很有可能选择放弃原有的ERP系统升级计划。 3. 受制于供应商 ERP系统供应商乐于为企业提供定制服务。因为通过那些附加应用，供应商对系统有了更高的掌控性。本质上说，为了获得这些特有附加应用的支持服务，企业对这些原来的供应商产生了依赖。然而标准的ERP系统允许企业更换供应商，无论是出于对新特性的需求或是对现有系统的不满。今后企业实施一套新ERP系统的时候，定制可能不再是一套标准的流程了。功能调节这个做法正变得越来越流行，供应商采取更换软件而不是改写源代码的做法。无论哪种方式，都可以帮助企业实现打造一套满足自己需求的系统。 4. 延缓上线时间 定制会增加整套ERP系统的安装完成时间。ERP系统所添加的额外应用越多，必要的系统准备数量也越多，这将导致ERP系统整体上线时间的延缓。作为结果，ERP系统安装成本将会超出原先的预算。不断地推迟系统上线时间，只会加大企业的支出。
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