在企业的项目管理中，项目管理系统的运用大大的提高了管理的效率，相对于一般的工具来说，项目管理系统除了需要会使用基本的操作，还有一些其他的功能。
企业借助项目管理系统将混乱的管理得到控制。项目管理系统本身也是较为复杂的工具，对于项目经理来说，熟练掌握工程项目管理系统是必须的。最基础的是要会项目申请，项目立项、会建立活动、会提交工时表、懂需求变更，会利用工具做报表等等。
会使用、会操作工程项目管理系统只是最基本的能力，这对于一般人来说都是非常简单的。而真正掌握项目管理系统核心的，会应用项目管理系统的人却并不多。但恰恰只有会应用项目管理系统的人才能够深刻理解并能够融会贯通的掌握。
往往实际情况是多个项目同时执行，这时需要项目经理能够使用项目管理系统的多项目管理功能，对项目之间的资源进行调配，或者项目之间依赖关系的管理等等。项目经理熟练掌握工程项目管理系统是必须的，可是只有连同项目管理系统背后的管理原理一起掌握，才能够用所学知识，解释企业生产经营管理活动所采用的相关理论，才能够具备发现企业管理现存的关键问题。
