服务瑕疵并非是针对与免费OA产品本身的，而是对OA厂商的一种考察。 优秀的免费OA办公系统具有很强的易用性，如果用户只使用基本功能，那么对厂商服务并不是很依赖。但如果用户产生了一些比较复杂的新需求，如大规模的系统调整或二次开发，那么就需要厂商提供及时、有效的服务了。 需要注意的是，有的厂商看似具备强大的服务体系和能力，但是服务成本高昂，这也会让用户不堪重负，甚至不敢找厂商提供服务。
工作流瑕疵：不适用 工作流是OA系统应用的绝对核心，这个功能不好用，那么免费OA就“残疾”了一大半。 免费OA办公系统的工作流已经发生了巨大的变化，远非流程审批那么简单，而是可以用于复杂的业务流程管理。同时在流程管理的灵活性、整合性方面向用户完全开放，能够提供可视化的图形化设计界面，让用户自己就可以轻松创建和维护各种流程、表单。
功能瑕疵：不细致 部分免费OA办公系统大多丢失求全不求细，只堆砌功能，但功能细节和深度上却严重缺失，导致用户根本用不起来。比如发送通知时没有邮件通知和员工反馈信息功能，工作流不支持智能判断和自动跳转，没有工作计划和工作日志功能，对于单位合同和车辆管理也没有。
部分免费OA办公系统开放性很差，不能灵便的实现数据整合，包括系统内部的数据整合，以及多系统间的数据整合，也不能根据用户需求的变化而灵活、低成本的二次开发，结果越用越别扭，越用越萎缩。由于开放性属于免费OA办公系统的核心技术，贯穿了免费OA办公系统的底层设计、系统架构和逻辑界面，基本上是无法在后期改进的，只能是废掉更换新的系统。
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