1.自然环境适应能力的局限性
（1）公司环境因素转变。现阶段许多企业发展战略正从內部发展战略转为同盟体发展战略，这在公司管理行业是一个里程碑式的转变。传统式的ERP系统在保持同盟体发展战略（即保持公司员工、公司与业务流程小伙伴、公司与顾客中间的协作国际商务）时，碰到了难以逾越的鸿沟距离，不可以灵便地适用供应链管理管理作用，不可以保持公司与经销商、公司与分销之问的信息内容集成化及其不一样软件中间的互操作。
（2）公司內部环境破坏。传统式ERP系统不可以融入公司內部运营管理方式的转变，企业组织机构、运营管理方式的转变会造成原来的ERP系统系统必须再次开发设计或做很大的改善。导致项目投资奢侈浪费。
2.软件扩展性的局限性
由于传统式ERP系统中各业务流程控制模块中间是是非非松藕合的关联，某一块业务流程作用提升将引起全部ERP系统商品的提升，某一业务流程控制模块的调节将对全部企业或集团公司的信息资源管理工作中产生危害，如控制模块提升必须经常关机安裝和备份文件，乃至产生有关控制模块操作面板和步骤的更改。
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