在项目的实现过程中，难免会出现物流行业CRM系统跟实际操作有冲突的地方。如平时作业时，销售订单有错误，如价格或者数量一不小心输入错误，更改时，直接在原有单据上更改，然后签上自己的大名，销售订单就可以发下去了，其他部门照样接受。但是，采用了CRM系统作业后，这种方法就不行了。
因为系统要求任何单据的更改都必须在物流行业CRM系统中反映出来。如销售订单的变更，在物流行业CRM系统中就有销售变更单，要通过这张单据，才能实现销售订单的更改，手动更改的单据，系统是不接受的，其他部门的用户也要积极配合，不接受这些手动更改的的单据。
企业的员工一般都不是固定的。一方面，员工的跳槽，特别是CRM系统的关键用户跳槽，会给CRM系统造成非常大的影响。因为一个从来没有接触过CRM系统的用户，从刚开始接触到最后熟悉，需要几个月的时间，若想精通的话，则时间更久，可能需要半年。另一方面，随着企业的不断发展，企业也需要不断的招纳新鲜血液，来充实自己的团队。所以，招来的新员工，若没有经过专门的培训，是不能胜任这个物流行业CRM系统操作岗位的。
一般企业对于物流行业CRM系统，都是一进宫。所以，对于CRM系统日后维护工作不是很熟悉。他们不知道日后维护工作的重点是什么，在系统的日后晚上的过程中，可能会遇到哪些问题，遇到问题时，应该如何解决。对于这些内容，第一次接触CRM系统的企业用户都是一窍不通的。
所以，项目管理员在项目快结束的时候，要抽个时间，跟实施顾问做下来，好好的向其请教一下，日后的工作计划与工作重点。而不要等到顾问离开企业后，感到无所适从了。其实CRM系统的日后维护工作是非常重要的，若日后维护工作做的不好，物流行业CRM系统就会走下坡路，最后，会导致企业前面的努力都白费。
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