作用区别：
OA系统：是利用现代化设备和信息化技术，使企业员工可以高效处理各种办公事务和业务信息，取缔传动的手动工作流程，进而达到提高事务处理效率、辅助决策的目的，最大限度地提高员工工作效率和质量。
人力资源管理系统：随着企业规模越来越大，组织层次越来越复杂，人事管理难度也会越来越大，而人力资源管理系统可以通过对考勤、薪酬、招聘、绩效等各个模块的管理，简化人事工作及流程，为企业实现人事管理价值最大化。
功能模块区别：
OA系统：主要是围绕行政部门的业务展开的，其主要功能模块有车辆管理、会议管理、图书管理、通知公告、公文管理等各项事务的流程管理。
人力资源管理系统：主要是围绕人力资源的业务管理而展开，人力资源管理系统的功能涵盖企业考勤管理、培训管理、考核管理、薪资管理、异动管理、招聘管理等，虽然也会涉及部分工作流功能，但主要是侧重人力业务的工作流。
使用主体不同：
OA系统：使用对象一般是企业全体员工，员工一般是用于各种事务的审批、申请、查看信息和接受通知，系统的主要负责管理由行政部门的人员来操作。
人力资源管理系统：使用对象主要是HR部门，不同模块的操作人员可有不同权限，若涉及考勤打卡和工作流功能，员工亦会使用，系统的主要负责管理由IT和HR部门人员。
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