1、分布式多层架构比较
PHP语言的ERP管理系统只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而Java语言的ERP管理系统在这方面就比较强大，可以实现多层的网络架构。数据库层（持久化层）、应用（业务）逻辑层、表示逻辑层彼此分开，而且现在不同的层都已经有一些成熟的开发框架的支持。例如Struts就是利用Java语言的ERP管理系统的Web开发技术实现了MVC的设计模式，而在业务逻辑层也有Spring框架，数据库持久化层有Hibernate等框架。这些框架可以方便开发者高效、合理、科学得架构多层的商业应用。
2、跨平台性
Java语言的ERP管理系统和PHP语言的ERP管理系统都有很好的跨平台的特性。几乎都可以在不作任何修改的情况下运行在Linux或者Windows等不同的操作系统上。
3、性能比较
有人做过试验，对这两种种语言分别做回圈性能测试及存取Oracle数据库测试。在循环性能测试中，JSP只用了令人吃惊的四秒钟就结束了20000＊20000的回圈。而PHP语言的ERP管理系统测试的是2000＊2000循环（少一个数量级），却分别用了63秒。
数据库测试中，二者分别对Oracle 8进行1000次Insert,Update,Select和Delete：JSP需要13秒，PHP语言的ERP管理系统需要69秒。
4、开发成本比较
PHP语言的ERP管理系统最经典的组合就是：PHP语言的ERP管理系统 + MySQL + Apache。非常适合开发中小型的Web应用，开发的速度比较快。而且所有的软件都是开源免费的，可以减少投入。
Java语言的ERP管理系统的Web应用服务器有免费Tomcat、JBoss等，如果需要更好的商业化的服务有：WebSphere和Weblogic。
5、数据库访问比较
Java语言的ERP管理系统通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库。访问数据库的接口比较统一。PHP语言的ERP管理系统对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。例如：用Java语言的ERP管理系统开发的Web应用从MySQL数据库转到Oracle数据库只需要做很少的修改。而PHP语言的ERP管理系统则需要做大量的修改工作。
6、系统设计架构比较
采用Java语言的ERP管理系统的Web开发技术，需要使用的是面向对象的系统设计方法，而PHP语言的ERP管理系统还是采用面向过程的开发方法。所以用Java语言的ERP管理系统进行开发前期需要做大量的系统分析和设计的工作。
7、源代码安全
PHP语言的ERP管理系统开发的程序的源代码都是公开的，他人拿到PHP语言的ERP管理系统开发的程序后都可以进行修改。Java语言的ERP管理系统开发的程序，最后用户拿到的是只是一些编译好的class类，无法看到完整的源代码，安全性高。
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