既不能夸大二次开发的难度和风险，遏制用户合理的需求，也不能无限的放大二次开发的范围增加风险和成本，项目管理系统二次开发可以更好的满足用户的需求，提升项目管理系统的适应性，但在具体的实施过程中，应合理的处理好二次开发周期、成本、质量之间的关系。如果二次开发的工作量大和技术难度大，则成本会大大增加，项目管理系统开发实施的周期也会比较长，因此项目管理系统厂商和最终用户之间就二次开发问题最好能够达成一致意见，项目管理系统厂商就基于现有产品的架构和设计，结合二次开发需求准确评估二次开发的难度、周期和成本。
在正确理解二次开发需求的前提下，降低技术难度，使用最少的时间和成本，确保高质量的功能实现。
不同项目管理系统厂商的产品技术路线、架构和设计不同，情况也有所不同，但有一点是可以肯定的，如果是基于核心源码修改的二次开发，对标准功能肯定会有影响，后续的升级就需要重新整合和重新开发，这点最终用户需正确评估。基于平台架构的平台型项目管理系统的二次开发不是针对核心源码的修改，基于平台的定制和接口的扩展开发，很好的解决了个性化二次开发和通用标准产品升级的矛盾。
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