很多企业在花费了很大的代价实施项目管理系统，但项目管理系统却最终没有取得预期的效果，如：沟通仍然使用MSN或QQ等即时通讯工具，流程审批在相关环节还是在使用手工审批，企业项目管理系统被束之高阁、没有使用起来，项目管理系统视乎成了一个鸡肋。那么为何会出现这样的情况呢?我们可以从多个方面进行分析，一方面是企业没有规划好自己的需求，其次没有选择到适合自己的软件产品；企业高层的管理思路不清晰，以及企业在具体的实施推广中执行力不够导致。
首先是企业项目管理系统需求规划和人力资源配备问题。企业项目管理系统使用不起来，首先最常见的问题是项目管理系统需求不清晰，很多时候是由于企业对自身的实际需求，或者说是核心需求的理解不清。项目管理系统信息化对最终用户的经验也有着一定的要求，很多企业负责项目管理系统项目实施的人员是行政人员或不懂计算机的“闲杂人员”，企业主要负责人和核心部门负责人也很少参与。项目管理系统软件厂商没有和最终用户一起合理的确定好企业的需求，预期目标不清晰和项目管理系统实施缺乏计划。
其次是项目管理系统软件的选型问题。目前国内的项目管理系统软件厂商众多，产品形态各异同质化严重，这在不同程度上为企业项目管理系统的选型带来了困扰。一些项目管理系统软件厂商在软件选型和洽谈过程中，为了迎合用户的长远规划，为其勾勒出一副宏伟的蓝图。此时一些用户早已将自身需求抛到脑后，“这山望着那山高”的心态最终导致其迷失了方向，盲目的上了选择了项目管理系统。最后，项目也很“顺利”的验收，软件厂商不再提供后期服务，而企业项目管理系统完全基本使用起来。
最后是企业实施和执行力的问题。项目管理系统信息化是一个长期的过程，是一个不断深化的过程。往往是一个简单的开始，在项目管理系统项目推进过程中，理论、思想、技术、知识体系也都在不断发生变化，效果与初衷会发生很大变化，因此，动辄“三年、五年”的信息化目标对于企业信息化主管来说并不完全适用，明确提出几年后要达到什么样的效果，尤其是数字上的效果更不可取，“目标量化”已经成为一些企业用户的通病。实施过程中项目管理系统本身没有什么缺陷，很多时候是因为员工的习惯性做法所导致，例如员工早已习惯使用QQ收发内容，或者领导早已习惯审批纸质的文件，用户们已经“懒得”上项目管理系统办公系统了。企业内部缺乏应有的制度和执行力，保障项目管理系统的持续推广和应用，毕竟一种新型办公模式的转变是需要时间和过程的。
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