1、ERP管理系统公司的产品缺乏扩展性和灵活性
目前ERP管理系统市场同质化严重，一些ERP管理系统公司缺乏应有产品和技术积累，很多ERP管理系统厂商采用的技术、系统的设计和架构都非常落后，这类软件最大的问题是产品功能固化，无法适应不同用户多样化的需求，不能随着环境变化、用户的业务流程变化而变化，调整起来费时费力，服务成本高昂。因此从某种意义上讲，ERP管理系统软件的扩展性是软件生命力的基本保障。
2、ERP管理系统公司的软件系统维护和二次开发不方便
这类问题一般都是和产品技术相关，最终用户在长期ERP管理系统的使用中，由于业务模式的调整，或需求可能会发生变化，也有的是需要深化ERP管理系统的应用。由于ERP管理系统厂商的技术、设计和软件架构落后，不方便于升级和维护，将会引发重新开发的风险。任何ERP管理系统厂商的软件产品不可能完全满足用户的需求，一般情况下可以结合ERP管理系统二次开发对ERP管理系统系统进行适应性的调整，但是一些厂商的ERP管理系统产品二次开发能力非常弱，或一旦经过系统的二次开发，系统的核心源码就被不同程度的修改，便不能再享受ERP管理系统厂商产品的后续升级了，ERP管理系统最终用户面临的将是无穷无尽的开发和整合，软件维护与服务的成本将被无限放大。
3、ERP管理系统项目存在大量的定制开发，实施难以交付
存在这类问题不外乎两种情况，一是用户提出了过多的个性化需求，但选择ERP管理系统产品功能上远远不能满足，需要额外进行大量的定制开发，很多ERP管理系统厂商是以销售产品为主的，或服务用户的是厂商的代理商，没有ERP管理系统定制开发的项目经验，无法按用户的需求交付软件系统；二是ERP管理系统厂商对ERP管理系统项目的开发工作量评估不足，交付过程会采取对用户需求弱化的方式降低实施开发的工作量，导致交到最终用户手中的软件系统，与用户实际的需求存在差距，或根本就不是用户所需要的内容，因而导致系统难以交付。
4、ERP管理系统公司无法实现ERP管理系统与其他系统的集成开发
以企业用户为例，在不同的发展阶段或依据业务与管理上的需要，会引入不同的企业管理软件，多管理系统的存在也会造成系统之间的数据不能共享、数据重复录入、不同步、不统一的问题，数据的准确性降低，关键数据的决策功能又不能发挥，制约了企业信息化的效果。当企业存在多个管理软件和ERP管理系统软件时，ERP管理系统与其他系统之间的集成成了必然，ERP管理系统系统与其他软件系统之间实现数据交换，就需要做大量接口开发，这是对ERP管理系统厂商的产品、技术和经验的一个考验，将是一个复杂的工程。
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