1、在传统ERP管理软件的基础上定制开发，成本高昂、稳定性又差
传统ERP管理软件一般会使用修改产源码的方式进行定制开发，这样需要开发人员对产品非常熟悉，对技术人员的水平要求非常高，无形中增加了软件定制开发的难度，提升了软件定制开发的成本。更为严重的是，如果是因为个性化的定制开发修改了核心源码，会导致已有功能的出错和不稳定，也不能够直接享受软件厂商通用产品后续的升级（升级的目的一般包括添加模块、增加新功能、功能升级、错误的修复、增强安全性、改善性能等），如果选择升级，则需要重新投入时间和成本进行系统的整合。
2、与其他管理软件的集成能力差
以企业用户为例，随着企业信息化的不断深入，各种功能各异、应用范围不同的管理软件（如：ERP管理软件、ERP、CRM、HR，以及通过定制开发构建的各种管理系统）在企业内部承担着不同的重任，这些系统可能是在不同时期引入和构建的，一般都来源于不同的软件提供商。但随着应用的深入，多系统之间的数据不统一，数据之间缺乏关联性，多系统之间的数据重复维护管理等，成了企业信息化新的困扰。因此，ERP管理软件软件同其他管理软件之间的系统集成势在必行，传统ERP管理软件与其他管理软件集成能力差影响企业信息化的效果，严重制约了企业信息化的长远发展。
3、产品不能够满足用户个性化的需求，适用性差
目前市场上有很多的公司都选择了ERP管理软件产品化，甚至很多的公司通过快速模仿或盗版同行的产品，其产品没有案例的积累、成熟度低，安全和稳定性差，由于没有核心的技术和研发能力，很难提供技术服务，更不用谈后续的扩展和维护，只能是在市场上以低廉的价格参与ERP管理软件的恶性竞争，这种情况在目前混乱的ERP管理软件市场中非常普遍。
传统ERP管理软件突出的问题是不能很好的满足用户个性化的需求，在很多情况下这也是一个致命的问题。当然有些用户会选择产品化+局部的定制开发，但只能是对部分需求的满足，还有相当的一部分由于定制开发和修改的难度大和成本高，只有选择放弃。
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