这样的一个工程管理系统在一个企业中是如何实现操作的呢？那首先管理系统存在的目的是为了对整体项目产生有效合理的管理，能够使得项目按照预期，得到最有效的施展。工程管理系统是针对例如计算机系统、网络系统等的系统集成项目的工程管理系统，所以这样的软件更是需要企业几乎所有的部门进行协调。
当项目确定之后，与之关联的所有部门都需要进行协调管理工作——销售部主要处于一线，工程管理系统需要处理好项目与客户之间的关系；技术部则需要制定好方案、实施规划以及跟踪完成情况和后期的维护工作；商务部则是做好采购交货的工作；财务部核对项目资金等。
综上所述的企业整体协调的问题，这些不再使用人力进行控制，而是通过工程管理系统来进行总体协调，更加科学地控制好项目进程、细节把控和风险控制。
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