项目管理系统在使用上存在的问题：
问题一：应用不到位在上述思想的指导下，企业很难把其应用变为企业自觉的行为，好多企业使用了项目管理系统，也是在甲方、上级的要求下使用，保证不了应用的效果。还有就是资金、人才的不到位也是应用上的一大障碍，这都是企业在应用中存在的问题。
问题二：意识上存在的问题企业都知道市场逐渐增大，那么市场的竞争也在逐渐的增大了，很多的企业也体会到项目管理系统对信息管理的重要性，认识到其在企业、项目中对促进企业发展的重要作用。因此，企业对此持积极的态度，但有些企业认为项目管理系统的价格过高，不会在短期内带来效益，并增加了企业的盈利负担。
总之，项目管理系统随着社会的发展及企业企业竞争环境的激烈，其变相的也会促使企业向信息化发展方面寻求出路，意识上不认可的问题也会迎刃而解。
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