工程管理系统的流程规划通过对工程管理系统定义的简单解析得知由于系统的结构与功能目标的差异，不同项目生命周期的项目管理信息系统的内部处理流程也有所不同。一般来讲，工程管理系统内部处理流程的规划设计原则是：施工机具需求计划等项目资源计划，作为项目管理控制的基本预期目标。以实际进度、实际财务数据为依据，动态产生实际的人力、资金、物料、机具等资
源支出消耗数据，并自动与指导性目标数据相比较，为后续的合同结算、成本控制提供动态、实时的信息和依据。
通过对工程管理系统定义的简单解析得知企业级项目组合管理是一个动态决策过程，过程中的项目永远处于被评估、选择和排序中，项目可能被提升、取消或者降级;资源被一次次的重新分配;伴随这个组合决策过程的往往是不确定和变化的信息动态的机会、多重的战略目标、互相关联的项目以及多个决策者等等。工程管理过程包含的是一系列的业务决策流程，例如周期性的进行项目评估、进行通过/不通过决策、新战略的评估以及执行战略资源的分配。
工程管理系统的内部结构通过对工程管理系统定义的简单解析得知大型工程管理系统从内部功能上一般包括项目进度信息、造价信息、质量信息、安全信息、合同信息、财务信息、物料信息、图(纸文)档信息、办公与决 策信息等9大管理系统和管理功能。于不同项目生命周期阶段的信息系统，工程管理系统的核心功能和目标会有所侧重和区别。如对于规划阶段的工程管理系统，图档处理是工程管理系统的核心功能;对于实施阶段的工程管理系统，项目进度、质量和造价三大控制信息的一体化集成处理是工程管理系统的主要目标;对于实施阶段的项目监理信息系统，质量信息的实时采集与监控是系统的核心目标等等。
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